Przyczyny powstawania zespołu jelita drażliwego nie są do końca znane. Wiadomo, że ważnymi czynnikami są stres i zła dieta. Każdy pokarm wywołuje skurcze jelit, ale u osób cierpiących na zespół jelita drażliwego są one silniejsze i występują szybciej niż u zdrowych osób, doprowadzając do bólów. Ta nieprawidłowość jest często zależna od zawartości tłuszczu w pożywieniu. Trzeba zatem unikać: tłustych mięs, skóry drobiu, pełnotłustego mleka, śmietany, masła, tłuszczów roślinnych i innych tłustych pokarmów.

U niektórych osób występują objawy silnego niepokoju, napady paniki lub depresja. Szczególnie ta ostatnia silnie wiąże się z jelitem drażliwym.