ZUS ma prawo prowadzić kontrole pod kątem prawidłowości orzekania o czasowej niezdolności do pracy oraz prawidłowości wykorzystania  zwolnień. W pierwszym półroczu tego roku lekarze orzecznicy ZUS przeprowadzili 253,2 tys. badań osób na zwolnieniach lekarskich. W ich wyniku wydali 32,7 tys. decyzji nakazujących wstrzymanie zasiłku chorobowego. O 174,9 tys. zmniejszyła się tym samym liczba dni zwolnień lekarskich, a kwota wstrzymanych z tego tytułu zasiłków chorobowych osiągnęła poziom 10, 1 mln zł.

Z kolei w ramach kontroli prawidłowości wykorzystania  ZUS skontrolował 83 tys. osób. W efekcie wstrzymał wypłatę zasiłkóch chorobowych na łączną kwotę 3,1 mln zł.

Zakład Ubezpieczeń Społecznych ma również obowiązek obniżenia podstawy wymiaru zasiłku chorobowego i świadczenia rehabilitacyjnego w przypadku, gdy ustał tytuł ubezpieczenia. Wysokość świadczenia jest ograniczana w tym przypadku do 100 proc. przeciętnego miesięcznego wynagrodzenia w kraju. Z tego powodu w I półroczu 2013 r. Zakład obniżył wypłaty o 97, 2 mln zł.

ZUS może również zmniejszyć wysokość wypłacanego świadczenia chorobowego w przypadku opóźnienia w przekazaniu zwolnienia lekarskiego pracodawcy. Łącznie przez pierwszą połowę roku 2013 ZUS wstrzymał lub obniżył świadczenia chorobowe na sumę 114, 9 mln zł.